Los dominicos se internaron hacia el sureste del país, comenzando por la capital y siguiendo por Coyoacan, Oaxtepec, la Mixteca, Oaxaca, hasta llegar a Chiapas y Guatemala. Con los años hubo presencia dominica en pequeñas casas llamadas vicarias, por toda la región zapoteca y mixteca. Para fines del siglo XVI, la provincia dominica de Santiago se dividió para dar nacimiento a la provincia de San Hipólito Mártir, con cabecera en la capital del actual estado de Oaxaca.
Convento, era aquel presidido por un prior el cual era elegido por los miembros de la comunidad para un periodo de tres años, que después se amplio a cada cuatro años. Para tener el estatus de convento se necesitaba un número mínimo de frailes, primero fue de 12 y después fue solo de 6. Así constituido, los del convento tenían oblación de coro, es decir, rezar el oficio según sus distintas partes y horas. En cambio, las vicarias podían tener uno o dos dominicos, que visitaban los pueblos del área de su jurisdicción, estos frailes dependian del prior de un convento. Los de las vicarias no elegían superiores ni estaban obligadas al coro.
En Oaxaca, durante todo el periodo colonial, fueron contados los conventos que se establecieron, quizás cuatro o cinco en periodos de auge; en cambio, llegaron a tener mas de 70 casas vicarías, o casas de visita como también se les conocía, porque de ahí salían a atender comunidades lejanas.
Fue en 1529, al fundarse Antequera, hoy Oaxaca, que tienen su primera casa que luego sería el convento conocido como San Pablo, y perduraría como tal hasta la Reforma en el siglo XIX. Actualmente, lo que queda de aquel antiguo convento, primero fue ocupado por un hotel que adquirió el mismo nombre, actualmente es una propiedad privada utilizada para fines culturales.
En 1558 los dominicos adquirieron los terrenos que ocuparía el nuevo convento, que para distinguirlo del de San Pablo, también conocido como Santo Domingo Soríano, lo llamarían: "Santo Domingo Grande". En este terreno, casi al limite de la extensión que entonces tenia la ciudad, existió un pequeño hospital y una capilla, la cual fue cambiada de lugar a donde esta el actual templo del Carmen Alto un poco al norte de la ciudad de Oaxaca.
Los momentos iniciales de la construcción del nuevo convento fueron muy esporádicos. Fue hasta 1570 que se continuo ya en firme la gran obra que seria ocupada por los frailes, aun sin terminar, en 1608.
